1、治理结构不完善
公司应该分为管理层和治理层，管理层负责企业的经营决策，治理层执行监督和控制，两者会起到相互制衡的关系。但在中小企业中，公司的集权比较严重，管理和治理的职能都集中在公司的控制人身上，这样就会导致控制人凌驾于公司内部控制之上，最简单也是最常见的表现就是老板一言堂。
这种频繁的变动映射到组织架构上，会影响各部门职权和责任的划分，出现授权不清的情况，后续会因为工作而出现部门之间的矛盾，影响公司的运营效率。
所谓“度”的把握，就是制度流程设置的松紧。制度和流程太松，会遗漏潜藏风险的关键环节，可能会促使舞弊等情况出现；制度和流程太紧，繁复的程序会增加员工的抵触心理，同时流程审批环节太多会拖慢企业运营的效率，同时相关部门需要增加相应的时间成本进行公司内关于制度和流程的培训。
3、部门间缺少沟通和协调
内部控制不仅仅是一个部门的工作，企业完整的内控体系需要公司各部门的协同和支持。如果企业内部信息传递不顺畅、部门间缺少沟通渠道，那么在各部门就会形成信息差。
另一方面这种信息差也会在部门之间制造矛盾，当出现问题的时候，各部门就会开始推诿责任。这种情况可能会让问题进一步扩大，为企业带来更大的损失，也会影响各部门之间的团结。
4、制度流程脱离实际
内控体系的建设需要符合企业的行业特性以及实际情况，制造业的制度流程不能照搬到文化传媒行业。
制度和流程在制定的时候，如果缺少配套的表单、流程图等等，只是用文字进行描述，遣词用句的不严谨可能会引起歧义，导致内控管理无法落地，也是脱离企业实际情况的一种表现。
5、缺少监督机制
内控管理的执行过程和结果需要相应的部门进行监督，最有效的机制是在企业中设立独立的内控内审部门进行监控。部门的独立性可以保证内控管理不会受到管理层的制约，能够更加深入挖掘企业经营中的风险。但中小企业通常让财务部来承担这部分责任，如果财务部在企业中缺少话语权或是相应的专业能力，那么内控管理就很难执行下去。