一、实行预算管理的事业单位主要审计内容：
1、财务收入来源的合法性、入账的完整性；
2、财务支出范围的合法性、合规性、合理性；
3、资产的安全性等。
二、基本建设项目的财务收支审计的主要内容：
1、项目拨款是否按规定人账；
2、资金使用是否符合规定的用途；
3、资金是否安全等。
三、实行企业管理的单位财务收支审计的主要内容：
1、 对企业的会计资料，包括会计报表、会计账簿和会计凭证的真实、合法进行审计。
2、 对企业资产，包括流动资产、长期投资、固定资产及其累计折旧、在建工程、无形资产、递延资产和其他资产的安全完整、保值增值进行审计。
3、 对企业负债、包括流动负债和长期负债的情况进行审计。
4、 对企业所有者权益，包括实收资本、资本公积、盈余公积和未分配利润的真实、合法进行审计。
5、 对企业损益，包括收入、成本费用和利润的情况进行审计。
四、行政事业单位财务收支审计的主要内容：
A、财务收入方面
1、未经省级人民政府的财政部门会同物价部门批准进行收费。
2、应缴未缴财政专户和没有及时足额上缴财政及坐支应缴未缴收入。
3、账外资金形成“小金库”。
4、不按规定使用财政部门统一印制或监制的收费票据。
B、财务支出方面
1、发放各种补贴、奖金未经财政部门批准。
2、应交未交各种税金及附加。
3、挤占、挪用专项资金。
4、虚假发票报账。
5、乱列支出。
6、虚列支出。
7、购置固定资产未记入单位的固定资产账。
8、超越单位权限处置资产。
9、购买控办商品未办理控办手续。
C、财务其他方面
1、在往来款账中长期挂账。
2、其他需要注意的问题。