审计发现问题整改对于很多组织都是老大难问题。审计发现问题整改的主体责任虽然在被审计单位身上，但组织的领导往往也会把板子打在审计部门身上，说审计部门对发现问题的整改督导不力。对于那些既没有处罚权，又整天忙着完成审计任务的审计部门来说，在督导被审计单位开展审计发现问题的整改中，又往往力不从心。
换个角度想，组织的领导对审计发现问题的整改比审计部门发现什么问题可能更关心，因为问题的发生是给组织带来损失或风险的，而问题的整改能给组织带来收益或减损。
很多审计部门在实践中，也积累了督导审计发现问题整改的宝贵经验。虽然各个组织及其审计部门有不同实际情况，但是有些成功经验现在虽然不一定能借鉴，但以后说不定能用到。
1.建立审计发现问题整改台账和销号机制。审计部门对每家被审计单位建立审计发现问题整改台账，并在台账上明确整改责任部门、整改期限、整改意见等内容。另外，审计部门还可以针对不同的专业领域，设置分类台账，使得整改能够得到专业部门的支持。审计部门通过后续审计或者非现场核实等手段来评价审计发现问题的整改效果。对于整改完成的问题在台账上销号，对于超过整改期限而未完全整改的问题，一是下发限期整改通知书，二是在组织进行通报，三是建议考核部门给予扣分，等等。
2.建立审计发现问题整改结果公示机制。虽然不一定把审计发现问题的整改结果作为考核要素之一，但是如果在组织内进行公示，也会促进被审计单位负责人更加重视问题整改，毕竟管理干部还是要面子和声誉的。公示的范围越广、越透明，被审计单位负责人推动问题整改的力度越大。公示机制还能在组织内形成舆论的压力，督促被审计单位的责任部门及管理干部及时实施整改措施。
3.建立审计发现问题整改评价与考核挂钩机制。为什么被审计单位的负责人对审计发现问题整改不重视，很大的原因是整改结果不影响其绩效考核。如果将审计发现问题的整改结果作为管理干部的绩效考核指标，那么至少在利益的驱动下，被审计单位负责人会采取更加实际的行动来实现问题的整改。同时，审计发现问题结果的评价还可以放在管理干部的经济责任审计报告中，这也会引起整改责任人的重视。
4.建立审计部门与专业部门的问题整改联动机制。对于组织的专业管理部门来说，也是很希望审计部门发现的问题得到被审计单位有效整改，因为如果不整改，专业管理部门也会承担相应的管理责任。专业管理部门参与督导被审计单位的问题整改，最大的优势是专业管理部门能够对问题整改提出更加专业、有效的整改建议，而且如果涉及制度、流程的顶层设计问题，专业管理部门也是问题的整改责任部门之一。
5.建立审计发现问题整改分类督导机制。审计发现问题多种多样，有的涉及机制、制度问题，有的涉及行业性问题，有的涉及战略执行问题，有的涉及操作问题，等等。如果根据审计发现问题整改的紧急程度，还可以分为立即整改问题、限期整改问题、按整改计划进度完成整改的问题，等等。对审计发现问题进行分类，也就能够对审计发现问题进行分类督导。有的审计发现问题虽然出现在被审计单位，但如果涉及顶层制度问题，就不是被审计单位靠自己的力量彻底整改了。
无论什么样的审计发现问题整改机制，仅靠审计部门的力量不仅很难建立，而且即使建立了也很难有效运行；即使得到组织领导的支持，如果没有专业管理部门的配合，也很难建立或有效运行。审计发现问题的整改督导确实会耗费审计部门很大的精力，审计部门一方面要与组织的领导及时沟通并获得支持，另一方面也要做好规划、结合实际情况稳步推进。审计发现问题的整改督导不可能一步到位，也不会一蹴而就，审计部门既要顶住压力实施督导，又要开动脑筋探索问题整改督导新的方式方法，还要调动一切可以调动的力量共同推动审计发现问题的整改。