2020年初，新型冠状病毒肺炎疫情自武汉暴发并迅速蔓延全国。疫情发生后，审计署驻武汉特派员办事处迅速启动疫情防控专项审计工作。从医疗设备采购、医用物资储备、企业复工复产、捐赠物资和资金拨付分配使用等层面，及时反映疫情防控中存在的困难和问题，并实时跟踪督促问题整改，为党中央和国务院及时决策部署疫情防控工作提供了有力参考。该项目获得2021年全国审计机关优秀审计项目三等奖。
在此次疫情防控专项审计中，武汉办紧扣“促进疫情防控资金物资规范管理、高效使用和信息公开，促进全力保障疫情防控重要医用物资和生活必需品的供应”的审计目标，及时将重大政策落实跟踪审计等审计项目相关内容纳入疫情防控专项审计范围。一是聚焦财政专项拨款、捐赠款物、金融再贷款等资金；二是聚焦医疗药品采购、工业企业生产、出口贸易、湖北企业生存状况和困难。紧盯疫情发展态势，聚焦疫情防控和经济社会发展两大重点，抓住疫情对经济社会发展的影响这条主线，及时反映疫情防控中最突出的问题、最需解决的矛盾和最应关注的事项。
武汉办组织干部职工参观“人民至上 生命至上——抗击新冠肺炎疫情专题展览”
根据疫情发展态势，武汉办适时调整审计重点。在疫情防控形势最严峻的阶段，聚焦物资保障供应，连续反映了中央财政资金购置的重症医疗病区急需的重要医疗设备仍存在一定缺口、武汉市及区属定点医疗机构在疫情防控中面临重大物资和资金困境、应急援助贷款发放不及时等问题。
在湖北疫情渐趋平稳后，聚焦复工复产和疫情对经济社会的影响，先后反映了化肥、医药等行业复工复产难影响全国春耕复产和抗疫药品生产的情况，并对湖北省汽车、光纤、家禽养殖等行业受疫情影响的情况做了综合分析。
在湖北疫情进入低位运行后，聚焦抗疫款物管理使用是否规范高效透明，更多关注资金拨付和捐赠款物的分配使用，及时跟踪款物去向等问题。
通过快速响应，反映实际情况的专项信息得以及时上报，阻碍疫情防控的问题得以妥善解决，审计效率得到进一步提高，审计监督职能在疫情防控的特殊形势下得以充分发挥。
政府和社会各界投入巨额资金和大量物资用于疫情防控，疫情防控资金和捐赠款物专项审计具有审计对象复杂、审计时效性强、审计结果影响大等特点。武汉办根据疫情防控资金和捐赠款物专项审计的特点，积极探索非现场审计与大数据审计方式方法，因时制宜地揭示和反映问题。
一是积极开展大数据分析，纾困帮扶中小微企业。审计组充分利用湖北省重大政策措施落实情况跟踪审计等项目的数据资料、疫情防控互联网信息资料，成立数据分析小组，开展交叉互验、关联互证、多维度比对的数据分析工作，精准确定延伸范围和事项——防疫一线的医疗卫生机构、接收捐赠的慈善组织、火神山和雷神山医院建设项目、疫情防控物资生产重点企业、受疫情影响的中小微企业等。为调查了解企业在参与疫情防控中面临的困难，收集疫情期间的典型案例材料，审计组充分利用大数据平台，从已掌握的企业数据着手分析上下游产业，形成化肥生产企业、家禽类企业等受疫情影响较大行业的分析材料。
二是主动运用远程审计方式，反映医疗机构和中小微企业存在的问题。通过线上交流、电话访谈等方式，审计组与医疗机构、疫情防控主管部门建立畅通的联系渠道，第一时间了解医疗机构面临的困难。通过电话访谈、数据分析以及后期实地走访相结合，调查并反映了小微企业生存状况、疫情对金融扶贫的影响以及专项再贷款等问题。
三是机动调配延伸力量，反映企业在专项贷款使用中遇到的困难。部分审计人员因为封城滞留在湖北省各地，审计组根据现实状况，及时安排当地审计人员和地方审计机关审计人员共同延伸核实相关事项。了解并反映企业在专项贷款使用过程中遇到的困难，推动企业加快复工复产。
审计署下达应对新冠肺炎疫情防控资金和捐赠款物专项审计的动员令后，武汉办第一时间成立了由特派员担任组长的专项审计工作领导小组，下设财政专项资金、社会捐赠款物、专项再贷款、重点保障企业4个审计小组，各司其职又紧密配合。
在审计署的统一部署下，武汉办与湖北省审计厅和各地审计机关密切配合、通力协作，有效解决了疫情防控期间取证难的问题。
一是统筹核实防控物资使用情况。审计期间，审计组需要核实湖北省各医疗机构接收的捐赠物资和药品的使用以及结余情况，但因疫情防控要求，无法开展异地延伸审计。湖北省审计厅积极组织各级地方审计机关调查了180余家医疗机构的疫情防控物资使用和库存情况，不仅提供了详细的数据，还提供了大量鲜活的事例，为提出科学的审计建议提供了重要参考。
二是统筹梳理企业复工复产情况。在疫情防控取得阶段性胜利后，各地开始复工复产。为摸清湖北省各地企业的真实情况，审计组制订《审计调查了解事项清单》，请地方审计机关协助完成部分现场延伸和资料收集工作。共梳理了湖北省12个省辖市、1个自治州和4个省直管县的复工复产情况，重点访谈了襄阳、孝感、黄石、鄂州等四个地市的数十家企业。审计揭示了各地复工复产具体推进水平参差不齐、复工关键要素缺乏制度保障等影响湖北省经济和产业基础复苏的问题。
审计组先后实地延伸审计了26家医院、15个捐赠物资储存仓库、23个政府主管单位、35家企业和7个慈善组织等，掌握了武汉疫情防控的第一手资料和真实情况，揭示问题资金28.9亿元、物资1.29亿件，上报审计重要信息38篇。其中，审计署《应对疫情防控资金和捐赠款物专项审计专报信息》采用该办提交信息17篇，并有3个典型事例被审计署四个审计报告和专项报告采用。
在揭示和反映疫情防控工作存在的突出问题和急需解决的困难的同时，坚持把审计整改作为一项重要任务抓紧抓好，一体推进发现问题、反映情况、督促整改，并着重督促问题改深入、改到位、改彻底。湖北省政府高度重视审计发现的问题，迅速组织有关单位积极整改，按照“事事有回音，件件有落实”的要求，逐条建立整改清单，明确整改目标和责任单位，在认真研究落实整改工作具体措施的同时，针对审计发现问题暴露出的管理短板开展了专项清理工作。
在疫情初期，武汉市医疗机构面临缺少资金，缺少防护物资、医疗设备和药品，缺少医务人员等诸多困境。审计组将武汉市疫情防控面临的困难第一时间上报后，在联防联控机制的指导协调下，各部门明确职责，相互协调，通力合作，促进车载移动式CT等一批国内疫情紧缺医疗设备顺利特批上市，体外膜肺氧合（ECMO）设备等国外进口医疗设备通过绿色通道入关并迅速投入防疫一线。同时，相关设备采购流程得到简化、国家相关厂商生产供应链逐步恢复，医院抗疫物资紧缺的情况得到显著改善，物资供应逐步得到保障。
针对审计提出的部分捐赠物资无法及时分配到防疫一线的问题，湖北省和武汉市政府组织协调物流单位全力加快疫情防控物资的分配速度，确保第一时间分配到疫情防控一线，切实保障医疗工作者生命安全。审计反映防疫一线部分医护人员未参加社会保险、基本社会保障未得到充分保证的相关问题后，湖北省相关部门迅速开通了医护人员社会保险补征补缴绿色通道，简化办理程序，迅速实现防疫一线医护人员基本社会保障全覆盖。