在融资性贸易业务中，金融机构通常会要求融资企业提供担保。从本质上来说，仓储融资就是一种利用货物或货权凭证作为质押或者抵押的融资，是银行以生产企业或贸易商采购和销售过程中持有的商品或生产原料为质押或者抵押标的，向其提供的短期融资，所以仓储融资业务要求银行有较高的风险监控能力和较高的操作技能。融资银行对抵押货物的管理和控制非常重要，如融资企业(生产商或贸易商)不能在贷款期限内偿还贷款，银行就会在市场上拍卖或变卖质押、抵押的货物(简称“担保物”)，以补偿贷款本金及利息。仓储融资模型的风险主要包括三个方面：担保物的货权风险、担保物的监管风险，以及担保物的市场风险。
(一)关于担保物的产权风险
担保物的产权风险首先是担保物的合法性风险。例如，在仓单质押融资过程中，融资企业首先应确认在该担保物上不应附加其他的担保权利，以保证融资企业对融资货物完全的控制。
在既往的融资性贸易纠纷案件，特别是钢贸纠纷案件中，大量存在仓单重复质押的情况，这也成为相关案件处理中的难点。出现这一问题的根本原因就在于，通常情况下，用于设定质押的担保物应当是权属清晰、不存在争议的货物；但由于大宗商品普遍存在难以特定化的特征，这就使得融资企业有可能串通仓储、物流企业，就同一批货物开出远超实际数量的仓单或其他物权凭证，并将其分别用于向不同银行或企业进行质押融资。而权利人(提供融资的金融机构或企业)在接受该项担保时，很难对用于质押的货物进行盘点并将其特定化。一旦融资企业出现资金风险，就会有多个权利人持有合法有效的货权凭证主张权利。
(二)关于担保物的监管风险
在采用仓储质押监管的模型结构中，对质物的管理和控制是风险控制的核心。融资银行必须对质物在库期间其发生的各种损失负责，因此对各种潜在的风险都要加以考虑，还包括对质物保的设施能否有效防止损坏、破坏、变质、自然安全等问题。由于银行一般不具有对实物货物的监管能力，就需要选择专业的第三方物流仓储公司进行合作，把对质押存货的管理外包给这些专业的公司，即质押管理者。物流仓储公司接受银行委托后拥有针对存货进行管理的权力，并向银行签发仓单确认货物的所有权属于银行，同时承诺它将保证质物的完好与安全，并严格按照银行的指令行事。质物的管理风险中包括了信用风险包括融资客户的诚信度风险以及银行的操作风险。在仓储质押业务中，银行首先要对要求对融资企业信用、基本情况等进行调查。最大的银行操作风险是道德风险，即银行工作人员、仓库监管人员和融资客户所带来的风险，诸如银行工作人员与融资客户、仓库监管人员与融资客户串通作弊、仓库监管人员自盗、融资客户强行出库等，这些风险需要严密的监管体系以及各环节相互监督、相互制约来控制。第三方的物流仓储监管方需要保障质物不出现减少或灭失。为了更好地完成监管任务，融资银行要求第三方的物流监管公司都需要订立严密的监管制度，形成多级监管体系。
监管体系内应该是一个网状结构，相互监督，相互防范，这样就能有效地防止由于工作人员道德过失所带来的风险。与此同时，第三方物流仓储公司在工作人员的职业道德、专业知识、法律法规等各方面都要进行相关的培训考核。同时物流仓储公司还可采取一系列高科技手段加强监管，例如设立互联网监控，使融资银行相关的工作人员能随时登陆网络查询仓库内货物储存情况，也可在仓库内安装电子眼监控系统，使仓库各级管理人员实时监控货物的在库状态。在具体操作中，银行会对这些第三方物流仓储公司进行评估，选择具有相当实力与管理水平的专业物流仓储公司承担质物的监管责任。
(三)关于担保物的市场风险
由于仓储融资以货物本身为质(抵)押，银行就会面临质物的适销性风险以及价格风险等市场风险。仓储融资首要的是选好质物，充分掌握质物的变现能力。质物的种类要有一定的限制。一般选择适用广泛，易于处置，变现能力较强，质量稳定的品种，如黑色金属、有色金属、有关国计民生的战略储备物质等。仓储融资中所融资的大宗商品，通常包括原油、燃料油、化肥的下游的化工产品、煤炭、钢铁行业的上下游产品、有色金属的上下游产品、农产品(如大豆、玉米、棉花)、食用油等。银行在仓储融资中一般不接受变现能力差、市场前景不明、销售渠道狭窄、市场价格透明度不高、质量管理标准不规范的大宗商品。质物的市场风险中最重要的一个是价格风险。如该融资企业(生产商或贸易商)不能在贷款期限内偿还贷款，银行就会在市场上拍卖质物以补偿贷款本金及利息，如果质物价格下跌则可能造成质物价值不能弥补贷款的损失。对于质物的价格风险，银行主要通过收取保证金，以及对质物设定融资比率和规定的价格警戒线来控制。同时融资银行要求借款人对质物投保仓储或运输等其他相应的保险。
银行需要在仓储融资的整个过程中监控质物是否足值。在具体的操作中，银行可以采取库存和价格走势综合分析，用互联网搭建信息咨询平台，质物的价值核定以市场价为主，并且需要参照期货市场报价和现货交易发票价确定货值。当银行系统显示质物价格跌幅度较大导致质物价值跌破核定警戒线时，银行将会通知融资企业追加保证金，以确保质物货值达到融资的设置比例。从上面的分析可以看到，仓储融资的风险是多方面的还包括内部管理风险、运营风险、技术操作风险、市场风险、安全风险、法律风险和企业信用风险等。基于以上这些方面，银行要设定相关的风险规避结构。仓储融资相对于简单的企业流动资金贷款来说会更加复杂，需要了解客户的资金流、物流以及整个生产贸易的流程的综合信息，但只要建立严格、科学的风险评价方法、管理制度、规范操作流程，风险是能够得到合理控制的。